Na anderhalve eeuw, in 1808, krijgt het stadhuis een andere bestemming.
Napoleons broer, Lodewijk Napoleon, die toen twee jaar koning van Holland was, werd de bewoner. De zeventwintigjarige Lodewijk had een verarmd land aangetroffen dat hem met mededogen vervulde. Hij stond, tot ergernis van zijn keizerlijke broer, oogluikend toe dat er handel werd gedreven met de Engelse vijand die de Franse keizer juist economisch wilde isoleren van de rest van Europa. Alle stedelijke instellingen werden uit het gebouw gezet. Het leek echter gezien de slechte economie van het land verstandig om de Wisselbank niet te verkassen. Een Koninklijk Paleis met een Wisselbank aan huis was volstrekt uniek in de wereld.
De kostbare inrichting met Empire meubels geeft een idee van hoe het gebouw omgetoverd werd van een stedelijk kantorencomplex naar een in de Franse Empirestijl ingericht Koninklijk Paleis. De altijd hervormingsgezinde Lodewijk trachtte vanuit het Paleis een duidelijke stempel op de vervallen stad te drukken. De slechte drinkwatervoorziening, de dichtgeslibde haven, de zuivering van de grachten en de gewoonte om de doden in de binnenstad te begraven werden voortvarend aangepakt. Het aloude waaggebouw midden op de Dam werd in tegenstelling tot de Wisselbank niet chique bevonden en op last van de koning en onder protest van de burgers afgebroken.
Het zou niet lang meer duren voordat Napoleons geduld op was en Lodewijk het land haastig zou moeten verlaten om de rest van zijn leven vergeefs te blijven dromen over zijn jaren als koning van Holland. Amsterdam was na Parijs en Rome nog enige tijd de derde hoofdstad van het Napoleontische keizerrijk. Het Amsterdamse stadhuis was nog even het derde keizerlijke paleis in de nadagen van het Napoleontische rijk. Vrijwel alle buitengewoon kostbare meubels uit die tijd zijn achtergebleven en behoren tot een van de best bewaard gebleven en meest complete Empire collecties ter wereld.
