In 1813 geeft Prins Willem van Oranje, de latere Koning Willem I, het paleis in eerste instantie terug aan Amsterdam. Na zijn inhuldiging ziet Willem I echter het belang in van een verblijfplaats in de hoofdstad. Het gemeentebestuur van Amsterdam stelt het voormalige stadhuis op zijn verzoek opnieuw ter beschikking aan de Koning.
Het Paleis wordt vandaag de dag onder meer gebruikt tijdens staatsbezoeken, voor de Nieuwjaarsrecepties van de Koningin en voor andere officiële ontvangsten. Ook vinden er jaarlijks de uitreiking van de Erasmusprijs, de Zilveren Anjer, de Koninklijke Prijs voor de Vrije Schilderkunst en de Prins Claus Prijs plaats.
Op de momenten dat de Koningin en de leden van het Koninklijk Huis geen gebruik maken van het Paleis, wordt het gebouw door de Stichting Koninklijk Paleis Amsterdam opengesteld voor het publiek. Daarnaast vinden er tweemaal per jaar publiektoegankelijke tentoonstellingen plaats.